Молекула HD - изотоп самой распространенной молекулы во Вселенной, H2. Отношение N(HD)/N(H2) сильно зависит от физических условий в среде, что позволяет оценивать различные параметры. Ранее мы показали, что при уменьшении металличности концентрация молекул HD может увеличиваться. Одни из ближайших к нам галактик, в которых наблюдается существенно меньшая металличность, чем в Млечном Пути, - это Большое и Малое Магелланово Облако. Близость к нашей Галактике дает уникальную возможность детального изучения низкометалличных систем вдоль различных лучей зрения и оценки условий в этих системах. Мы провели систематический поиск молекул HD в Магеллановых Облаках, используя архивные спектры телескопа FUSE. Для поиска молекул HD мы использовали методы абсорбционной спектроскопии систем, лежащих на луче зрения наблюдатель - яркий фоновый источник. Лучевые концентрации HD в найденных системах варьируются от $10^{13}$ до $10^{15}$ см$^{-2}$. Используя архивные данные телескопа Хаббл, для некоторых систем были найдены населенности уровней тонкой структуры CI и металличности. Используя полученные концентрации CI, H2 и HD, были оценены физические условия в этих системах, а именно, скорости ионизации космическими лучами, интенсивности УФ фона и объемные концентрации. Работа поддержана грантом РНФ №18-12-00301